Με βασική αρχή το «Μία βάση, μία διεπαφή», δηλαδή τη συγκέντρωση όλης της πληροφορίας που αφορά μια υπηρεσία σε μία και μοναδική βάση δεδομένων και την παροχή υπηρεσιών μέσω μιας ενιαίας διεπαφής με ιστοσελίδες, η εφαρμογή "Αθηνά" θέτει τους παρακάτω στόχους:

• Πλήρης μηχανογραφική στήριξη των διοικητικών υπηρεσιών και των σχολικών μονάδων μέσα από τη μηχανογράφηση όσο το δυνατόν περισσότερων διαδικασιών που διεκπεραιώνονται από αυτές, με παράλληλη προσπάθεια για απλούστευση και τυποποίηση των διαδικασιών.
• Συγκέντρωση και οργάνωση όλης της πληροφορίας που είναι διασκορπισμένη σε διάφορες πηγές και υποσυστήματα μέσα σε μια υπηρεσία. Πρόσβαση και διαχείριση της πληροφορίας από το προσωπικό που είναι εξουσιοδοτημένο κατά περίπτωση.
• Ομογενοποίηση των υπηρεσιών που μέχρι τώρα παρέχονταν από ξένα και ασύμβατα μεταξύ τους υποσυστήματα, κατάργηση αυτόνομων εφαρμογών τοπικού χαρακτήρα με διαφορετικές τεχνολογίες και διεπαφές, εξάλειψη του φαινομένου «Πληροφορία για λίγους».
• Παροχή υπηρεσιών στους εκπαιδευτικούς με τη δημιουργία προσωπικού λογαριασμού, και μέσω αυτού, πρόσβαση στην πληροφορία που τους αφορά προσωπικά και ηλεκτρονική διεκπεραίωση αιτήσεων, δηλώσεων και άλλων διαδικασιών.
• Διαρκής προσπάθεια για βελτίωση και επέκταση του συστήματος σε νέα πεδία που δεν έχουν μηχανογραφηθεί, συνεργασία με άλλα συστήματα του Υπουργείου Παιδείας ή άλλων φορέων.